行政单位国有资产收入管理有利于完善行政单位国有资产管理体制，也有利于强化财政职能、规范收入分配秩序、推进廉政建设和深化体制改革。然而，一些问题仍不容忽视。

资产收入应缴未缴情况较为突出。从近两年的财政决算数字看，资产收入应上缴财政而未上缴的情况较为突出，表现为单位少报、瞒报资产收入，租金收入不列入预算或只列入部分预算，资产收入不按规定及时上缴财政，对外投资不按规定上缴资产占用费，资产收益不按规定实行“收支两条线”管理等现象普遍存在。特别是一些强势部门，更不希望这种利益格局被打破。

存在产权与合同纠纷隐患。部分单位原有以及新增房产未入账、未取得产权证书，就出租或者出售给外单位或者个人经营，而按照《中华人民共和国物权法》的规定，这一行为在法律上是无效的，由此造成的产权纠纷不可避免。此外，有的单位自行与承租人签订资产租赁合同，成交价格缺乏依据；有的合同期限太长，重要合同条款存在明显漏洞，造成国有资产收益的流失。

收入征缴体制有待理顺。一方面，财政内部管理体制需要衔接。资产管理与收益管理脱节的问题明显，财政部门内部沟通机制不畅。另一方面，税费征缴体制需要理顺。据调查，一些行政单位的承租方既要缴纳国家和地方税收，又要缴纳各种收费，税费负担较为沉重。

资产管理与财务管理、部门预算管理未能有效衔接。一是资产管理与财务管理脱节，表现为：有的单位财务核算与固定资产动态管理系统记录不同步，固定资产账实不符；改建固定资产未及时入账；受赠资产未及时入账等。二是资产管理部门与其他财政管理部门未能有效衔接。有的地方动态监管系统尚未建立，有的单位资产动态管理数据库更新不够及时，有的单位资产管理软件系统与国库集中收付系统、部门预算管理系统等财政网络的衔接尚未到位。